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Hi,
man kann das was du beschreibst rein über das SSH Protokoll abbilden. Ich glabe die nennen das jetzt SFTP. Es gibt dafür grafische Clients, es sieht alles genau so aus wie FTP, ist aber deutlich langsamer, aber dafür verschlüsselt und sicher. Du brauchst dafür einen SSH Server, hast du wahrscheinlich eh schon, wenn du einen Server im Web stehen hast. Für Linux Clients musst du nichts installieren, sowas ist immer schon integriert und es gibt ja das gute alte scp auf der Kommandozeile. Für Windows Clients gibt es ein Programm namens WinSCP.
Gruß
Cruz