Du navigierst also mit dem Auswahlfenster des File-Upload-Buttons durch Verzeichnisse auf dem Server? Wie machst du das denn?
Lokale Maschine a la XAMPP. Server und Client sind identisch, nehme ich an.
Ich würde in so einem Fall versuchen, die Verzeichnisauswahl auch noch mit PHP zu realisieren. Lass dein Script doch eine Liste mit den Dateien und Verzeichnissen generieren, ähnlich wie es der Apache mit mod_autoindex tun würde. Wenn du diese Liste selbst generierst, kannst du sie ja auch leicht auf die zulässigen Verzeichnisse einschränken.
Ist dann auch hinfällig ;)