Hm klingt interessant.
Wenn man bei deinem Beispiel bei
#content {
min-height:100%;
background-color: #999999;
}
eben min-height anstatt height macht, dann siehts im firefox + ie7 wieder perfekt aus, auch wenn man scrollt.
jedoch siehts im ie6 wieder mit weißem rand unten aus, wenn die seite nicht komplett mit inhalt gefüllt ist...