Handelt es sich bei den Bäumen um Dateien oder um Daten?
Eigentlich ist das auch egal, ich kenne die gängige Metode, Bäume in Arrays zu notieren.
$irgendwas = Array(
wert1 = Array(
wert1_1 = Array(
...
),
wert1_2 = Array(
...
)
),
wert2 = Array(
wert2_1 = Array(
...
),
wert2_2 = Array(
...
)
)
);