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Wenn Du das übergeordnete Element mit einem z-index versehen hast, gilt der auch für untergeordnete Elemente. Der 2000er z-index für die Spans kann damit nicht mehr funktionieren.
Eigentlich habe ich gar keine z-indices vergeben (die testweise eingefügten habe ich wieder rausgenommen). Der Firefox macht es ja auch "für mich logisch nachvollziehbar" - nur der IE nicht. Warum stuft er die weiter oben definierten "Kästchen" höher ein, als die weiter unten definierten spans?
Du wirst Dein HTML-Layout umstellen müssen.
Wie würde es denn gehen, so dass es auch der IE richtig macht?
Herzliche Grüße
Nicola