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Nach jahrelanger Erfahrung damit rate ich vom Prototype-Framework ab.
das kann ich unterschreiben - prototype liefert viel unnötigen ballast mit - je nach ausführung liefern prototype (oder script.aculo.us) fast 300 kb mit
jQuery ist imho empfehlenswerter - im vergleich zu prototype schlank aber trotzdem mehr features (etwa 1/3 der dateigröße)
ich hab zwar mit diesen frameworks weniger zu tun, aber allein die dateigröße schockt mich teilweise sehr
dojo oder yui sind übrigens recht interessant, da sie modular aufgebaut und im vergleich zu anderen frameworks sehr klein sind