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Hallo Andras,
Um Graphen zu Layouten ist http://graphviz.org/ immer einen versuch Wert. Das ist ein Kommandozeilenprogramm das aus einer Textuellen Beschreibung (nicht besonders kompliziert) Bilder in diversen Formaten erzeugt. Wenn Du das fürs Web brauchst, kannst Du das auf dem Server erzeugen.
Grüße
Daniel