Was ist denn für den 404er als Fehlermeldung/Fehlerseite konfiguriert? Diese wird auch von mod rewrite behandelt.
Fehlerseiten habe ich noch nicht definiert, aber gelten die nicht nur für externe HTTP-Zugriffe? Hier arbeite ich ja nur mit internen Verzeichnissen - der Besucher der Website bekommt von diesen Verzeichnissen (app und libs) ja gar nichts mit... oder?
Ich habe aber mal was eingestellt und die entsprechende Datei auch erstellt:
ErrorDocument 404 404.html
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteCond app -d
RewriteRule ^$ app/webroot/ [L]
RewriteRule (.*) app/webroot/$1 [L]
RewriteCond app !-d
RewriteRule ^$ libs/install/ [L]
RewriteRule (.*) libs/install/$1 [L]
</IfModule>
Der Fehler bleibt aber bestehen.