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Thumbs.db ist eine von Windows automatisch generierte Datei, welche die sogenannte Miniaturansicht zu beschleunigen hilft. Unter "Extras/Ordneroptionen/Ansicht" kannst du deren Erstellung mit "Miniaturansichten nicht zwischenspeichen" deaktivieren.
Übrigens würde ich dir raten das Array $dateien als solches zu initialisieren. [$dateien = array()]. Wenn die Datei mit eingefügt wird, die du gelöscht glaubst wird sie im Ordner zu finden sein. Lass dir einmal versteckte Dateien anzeigen, das hilft oft.
Grüße.