Hallo Tobias,
... nur kommt es mir so vor, als würde die Schleife einfach weiterlaufen und nicht warten, bis die PHP Seite fertig abgearbeitet ist. ...
das A in Ajax steht für Asynchron. Lasse deinen HTTP-Request einfach synchron laufen. (http://developer.mozilla.org/de/docs/AJAX:Getting_Started)
Gruß, Jürgen