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Danke für die ausführliche Antwort, aber ich gehe über mehrere Hops und hab unterschiedliche Dateien in unterschiedlichen Verzeichnissen.
Das ganze soll auch vom Webinterface aus steuerbar sein, da bin ich imho schon auf Perl angewiesen.
Ich hab mir jetzt einen Workaround geschrieben, der alle Sonderzeichen, die auf der Konsole Probleme machen könnten durch Strings ersetzt und am Ende auf dem Zielhost ein Script zur Rückkonvertierung anstößt. Expect kann dann normal mit "echo $content > $file" arbeiten. Ist keine wirklich schöne Lösung, da sich die zu übertragende Datenmenge bei ersten Versuchen verdreifacht hat, aber es funktioniert und das sogar mit Binärdateien.
Trotzdem Danke!