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Also ist die Arbeit mit Datenbanken im Grunde ein Mix aus normalen Dateien (php, html usw.) und der Datenbank selbst?
Eine Datnbank ist erstmal nur er Vorratsschrank einer Software, was du mit den Daten machen willst (soz. der Zweck der Software) spielt eine Rolle dabei, wie du deinen Vorratsschrank einräumst. PHP ist dein Kochtopf, hat also nichts im Vorratsschrank zu suchen. Genausogut kannst du auch statt einem PHP-Kochtopf eine JAVA-Pfanne oder einen Python-Backofen nehmen, die haben auch nix im Vorratsschrank zu suchen.
Macht es sinn, auch die Seiteninternen Links in der DB zu speichern?
Es spricht nichts dagegen.
Mein DB Design sieht derzeit so aus:
Sind das die Tabellen?
Sollte ich den Abschnitt Menu besser über normale PHP-Dateien steuern?
Aus einem Apfel kann man einen Bratapfel oder Apfelmus machen, Ausgangspunkt ist immer der rohe Apfel. Leg dir also einen Apfel in deinen Vorratsschrank. Gerade bei Menüs ist es besser, die irgendwo zentral zu haben, und wenn du schon ein DBMS drunterlegst, dann bitte auch dort.
~JJ