Hallo,
Dann ist möglicherweise bei einer Domain oder Subdomain ein bestimmtes Recht für die .htaccess nicht gegeben - auch wenn das insofern fraglich ist, als dass die Domains sicherlich alle mit der gleichen Basiskonfiguration arbeiten und somit alle den Fehler zeigen müssten, auch einzeln.
Oh - ich habe gerade noch etwas bemerkt. Über eine Subdomain funktioniert der Zugriff einwandfrei. Die hatte ich irgendwie vergessen zu testen. Und interessanterweise ist das auch genau die Subdomain, zu als erste auf dieses Verzeichnis geschaltet war. Somit scheint sich deine Theorie doch zu bestätigen...
Gruß,
Gabriel