suit: SEO - Zwei Domains eine Website - Was ist zu beachten?

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Wie kann ich denn in der robots.txt festlegen, dass die .com nicht indiziert wird?

garnicht, dafür die robots.txt nicht da

Ich weis nur, wie ich einzelne Ordner oder Dateien sperren kann. Aber die .de und die .com haben ja die exakt gleichen Ordner.

domains haben keine ordner sondern resource records die auf irgendwas zeigen, in deinem falle haben alle 2 (oder 4 domains) die selben ressourcen:
example.com
www.example.com
example.org
und www.example.org

entscheide dich primär für eine der genannten varianten (die domain, die auf den meisten werbefoldern steht, die domain die am längsten registriert ist - dafür gibts viele faktoren)

wenn das getan ist, leite alles auf eine domain um (mit einer technik deiner wahl, mod_rewrite ist sicher praktikabel)
Reiner hat das schon beschrieben

in seinem beispiel würde alles was NICHT www.example.com entspricht auf example.com umgeleitet

ich bin mir allerdings nicht sicher, ob das nicht so aussehen sollte:
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www.example.org$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://www.example.org/$1 [L,R=301]
(punkte escapen, da der reguläre ausdruck sonst nicht passt?)