Hallo Chris,
Du hast recht: in uploadFiles.php steht im Cookie eine SessionID - aber eine andere als in der aufrufenden Seite:-(
Dann solltest Du besser schauen, woran das liegen kann und NICHT die Reihenfolge verstellen. Du kannst die Session doch auch explizit starten, also dem session_start() eine Session-ID übergeben und vorher auch mit session_name einen eigenen Namen zuweisen, wenn dies nötig ist.
Die Variables Order wird zwar zum Glück (inho) für nichts anderes mehr benötigt heute (Register Globals ist doch aus?), aber Du solltest trotzdem nach den Ursachen forschen, warum SWF eine eigene Session aufmacht (also den an den Client gesendeten Cookie nicht annimmt und repliziert).
LG
Chris©