([0-9]+),*([0-9]+).([0-9]+€)
Das kann schonmal insofern nicht hinhauen, als dass du zum einen mit ,* "beliebig viele Kommas" verlangst (du möchtest aber beliebig ein-, zwei- oder dreistellige Zahlen mit einem Komma dahinter) und zum zweiten zwischen der zweiten und dritten Zahl mit dem . ein beliebiges Zeichen zulässt (du möchtest einen Punkt haben).
Ich täte es (mit PCRE-Mustern) einfacher probieren, zuerst:
\D([0-9]{1,3}),(([0-9]{3})+([,.][0-9,.]+)?)\s*€) -> $1.$2
Und anschließend:
\D([0-9]{1,3}).([0-9]{2}\s*€) -> $1,$2