Hallo Christoph,
Das einfachste wäre vermutlich, wenn ich die für Inkscape zuständige Konfigurationsdatei finden würde, um dort einzutragen, daß ich eben eine andere - oder eine weitere zusätzliche - DTD nutzen möchte.
Vieleicht reicht es schon, das Dokument mittels "Speichern unter..." als "Normales SVG" zu speichern und danach den gewünschten DOCTYPE hinzuzufügen.
Grüße,
Thomas