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[suit]

Gibt es ein Freeware oder Opensource-tool zum löschen nicht verlinkter Dateien?

vermutlich

Also: starte mit irgendwas.htm und verfolge alle links/bilder/etc und lösche alles andere, was nicht verlinkt ist - außer .ht*, robots.txt, etc...

und wie weisst du, ob diese ressourcen nicht von anderen seiten verlinkt werden?

Als das, was typischer weise dann entsteht, wenn jemand eine neue Webseite baut und das einfach so in eine bestehende Seite rein kopiert ohne die alten und unnötigen Klamotten zu killen.

zeugt von schlecht durchdachter entwicklung

prinzipielles vorgehen

hole dir einen verzeichnisindex all deiner dateien
prüfe mit einem linkchecker auf tote verweise (xenu) zb
vergleiche die daten mit einer dateiliste lt. access-log des server, damit du keine dateien löscht, zwar auf deiner seite nicht verlinkt sind, aber dennoch aufgerufen werde

und nicht vergessen: Cool URIs don't change