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Hallo,
der größte Nachteil von Flatfiles:
Es ist extrem viel mehr Aufwand. Bei größeren Projekte gerne gefühlt um den Faktor 100 oder 1000...
Mit flatfiles zu arbeiten macht echt kein Spaß, da man echt alles selber schreiben muss. Angefangen bei selects, updates und inserts, zu Einschränkungen mit WHERE oder die Ergebnisse zu ordnen. Joins oder andere ähnliche Sachen kann man auch vergessen.
Eine entsprechende Klasse zu schreiben ist ein extremer Aufwand und ruck zuck baut man einen kleinen Fehler ein welches die gesamte Datenstruktur zerstört...
Wenn du kein MySQL nutzen möchtest (welcher Anbieter kommt ohne MySQL her? Selbst die billigsten Webspace Anbieter für 50 Cent haben MySQL dabei) wäre evt. SQLite noch eine Alternative (Sollte bei jeder PHP5 Version dabei sein).
Wie gesagt: Rate dringend von flatfiles ab. Ist viel zu viel Aufwand, langsamer, und auch sehr schwer zu programmieren.