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Performance. Je nach Anforderungen kann bei größeren Datenmengen die Performance mit einer "echten" Datenbank nicht mehr mithalten (denke an z.B. 1000 Einträge, die Du mit PHP abarbeiten musst, um an Deinen Eintrag zu gelangen).
Ich sehe kein nennenswertes Problem. Auch bei 10000 Einträgen nicht.
Falls du eines siehst, solltest du deinen Umgang mit Flatfiles revidieren.
mfg Beat;