Da es eine php-Seite ist habe ich über htaccess die Urls bereits Suchmaschienfreundlich gestaltet.
Offenbar nicht. Wie haben die urls denn vorher ausgesehen?
Wie schaffe ich es jedoch, über die htaccess den spidern zu sagen, das sie nur die www.meineseite.at spidern sollen, damit ich keinen duplicate Content habe?
Das geht nicht mit htaccess, das geht mit der robots.txt. Mit der htaccess kannst Du die Seiten aber auf eine Seite weiterleiten.