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echo $begrüßung;
Die von mir gewünschte Zeile wird ausgelesen, die Variable überschreibe ich, aber wie bekomme ich die Zeile wieder in das Array hinein?
list($Stelle, $templink, $timestamp, $status, $Name, $Vorname, $email, $Stellensuche, $VGS_vorh, $VGS, $Id, $Ip, $PubDate, $Comment, $Request) = explode("|", $array[$zaehler]);
Hier erstellst du mit großem Aufwand aus dem von explode() zurückgegebenen Array einzelne Variablen, brauchst davon aber nur einen Wert zum vergleichen und einen willst du ändern. Lass doch das list() weg und belasse das explode()-Ergebnis-Array als solches zusammen.
$values = explode(...);
Deinen bisher in $Id vorliegenden Wert findest du nun in $values[10]. Den zu ändernden Wert überschreibst du einfach. Angenommen es wäre die Email-Adresse. Die befindet sich an Position 6 (von 0 an gezählt) und kann mit $values[6] = 'was neues'; geändert werden. Nun implodierst du $values wieder mit dem | als Trennzeichen und überschreibst $array[$zaehler] damit.
echo "$verabschiedung $name";