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Hallo,
Prinzipiell hast du mit regulärem JavaScript keinen Zugriff auf solches Verhalten. Das obliegt gänzlich der Fensterverwaltung der grafischen Benutzeroberfläche. Während normale Programme ein Fenster in der Taskleiste "blinken" lassen können oder sich sogar aggressiv in den Vordergrund bringen können, hat dein JavaScript keine solche Möglichkeit. Das ist ein Sicherheitsfeature, denn JavaScript läuft innerhalb des Browsers in einer Sandbox und hat nur eingeschränkte Möglichkeiten, daraus auszubrechen. Das Öffnen von neuen Fenster ist im besonderen Maße eingeschränkt.
Vielleicht gibt es Sonderlösungen für bestimmte Browser, da könntest du mal die von IE und Gecko akzeptierten Fenstereigenschaften durchschauen:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms536651(VS.85).aspx
https://developer.mozilla.org/En/DOM/Window.open
IE kennt Sachen wie showModalDialog, aber ich glaube nicht, dass sich das Fenster dann automatisch in den Vordergrund drängt, vielleicht "blinkt" aber das Fenster in der Taskleiste.
Mathias