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Wenn du alles absolut positionierst und damit alle Elemente aus ihrem Fluss (d.h. die normale Untereinander-Darstellung), kannst du wie gesagt nicht festlegen, dass ein Element unter einem anderen liegt. Es sei denn, du trickst ganz krass herum.
Was ginge wäre, dass du den Footer mit top: 10px; bottom: 10px o.ä. positionierst, sodass er immer unten auf der Seite angezeigt wird. Unter dem Content muss natürlich entsprechend Raum frei bleiben (den kannst du mit einem bottom-Wert für den Content reservieren).
position:relative wird dir da nicht weiterhelfen, vergiss das am besten.
Wie gesagt solltest du dich langfristig mit float und Clearing auseinandersetzen, damit sind die Möglichkeiten größer.
http://aktuell.de.selfhtml.org/weblog/css-spaltenlayout
Mathias