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Schönen guten Tag,
Der auch mir schwer verständliche Witz nochmal: Das Output-File wird geschrieben, ist problemlos lesbar- es sind sozusagen "nur" zu viele Leerzeichen drin. Und weil mehrere Durchläufe anstehen, droht der Code dann unleserlich zu werden (weil bei jedem Durchlauf jeweils ein Satz Leerzeichen an jedem Zeilenanfang dazukommt).
Die von Perl vordefinierte Variable "$/" http://de.selfhtml.org/perl/sprache/vordefiniert.htm kann dir bei deinem Problem helfen.
Übrigends solltest du dein Vorhaben mit dem Modul: "Tie::File" lösen, dort kannst du direkt in der Datei etwas verändern und musst es nicht auf dem umständlichen Weg (Datei öffnen, Dateiinhalt in ein Array schreiben, Array bearbeiten, Datei öffnen, Dateiinhalt überschreiben) machen.
Struppi