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Danke Sven,
habe nun FastCGI deaktiviert und das Script wird wieder gewöhnlich ausgeführt.
Mir ist auch bewusst, dass es sehr rechenintensiv ist. Mit dem Script selbst werde ich mich später beschäftigen. bin erstmal froh, dass die XML-Datei in der Datenbank landet und die Webseite wieder normal läuft.
Da das Script auch nachts aufgerufen wird, bekommen nur wenige User dies wirklich mit(wenn überhaupt).