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Offenbar liegts an dem min-height des #wrappers. Wenn der eine Höhe mit height hat, funktioniert auch die min-height des #leftCol. Vermutlich ist das so im CSS-Standard festgeschrieben. Nun würde die Benutzung von height dein Konzept ein wenig durcheinanderbringen, wenn der Inhalt höher als der Viewport wird. Insofern ist min-height besser, du könntest allerdings auch dem Wrapper width:100% und overflow:auto geben, sodass die Scrollbars darin angezeigt werden anstatt beim body.
Gleich lange Spalten sind auf unterschiedliche Art zu erzielen, je nachdem, wie das ganze letztlich aussehen soll. Willst du nur eine durchgängige Hintergrundfarbe haben, geht es noch am einfachsten, indem der Wrapper diese Hintergrundfarbe bekommt und die Kindelemente außer der linken Spalte diese Farbe mit einem eigenen Hintergrund überdecken.
Mathias