document.styleSheets[0].rules[0].selectorText
== "BODY"
sollte "BODY, TD" sein.
IE liest das Stylesheet irgendwie falsch ein bzw. gibt es falsch im Style-DOM wieder.
Seltsam, das kenne ich nur von Regeln, deren Selektor der IE zumindest teilweise nicht kennt. Aber »Typselektor, Typselektor« kann IE eigentlich problemlos.
Versuche mal zwei CSS-Regeln und ändere beide. Bzw. eigentlich sollte IE im standardkonformen Modus die Schriftgröße von body in die tds vererben, also sollte es unnötig sein, beide Elemente anzugeben.
Vielleicht auch mal ohne Prototype versuchen (ich weiß nicht, ob da irgendwo Änderungen an styleSheets vorgenommen werden).
Mathias