Hallo,
Hast Du Zugriff auf die Error-Logs Deines Webservers? Wenn ja ist das oft ein guter Anhaltspunkt, denn "Internal Server Error" ist imer ein Zeichen dafür, dass IRGENDWAS nicht funktioniert - was steht meistens im Error-log.
Folgende Dinge fallen mir spontan ein:
1.) Das Perl-Script hat nicht die richtigen rechte (keine Ausführrechte)
2.) Du hast das CGI-Modul welches Du benutzt, nicht installiert.
Hast Du mal probiert, das Skript auf der Kommandozeile zu starten?
Was passiert da?
Viele Grüße,
Jörg