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Mit Scripten, die aus übersichtlichem Quelltext den unnützen Kram (Leerzeichen, Kommentare, ...) rauswerfen, bevor der Quelltext auf den Webserver kommt.
Siehe z.B. http://dean.edwards.name/packer/ für die grundlegende Technik.
JS und CSS optimierer kenne ich. Allerdings wird das meiste dynamisch per PHP erzeugt.
Und da ein Programm zu finden das 100%ig keine Fehler verursacht und dem ich wenn es geht ein Verzeichnis angebe und es dann alle Dateien darin un Unterverzeichnisse durchsucht und dessen Files optimiert, ist schwer.
Kennst du da eines?
JS und CSS optimiert, das mach ich gnaz zackig über das PageSpeed Plugin von Google für Firefox+Firebug.
Gruß, Fred