Spricht etwas dagegegen, das konsequent so zu machen?
Was dagegen spricht ist, wenn du dein Zeug mal auf einen Server packen musst, wo das nicht möglich ist. Bei vielen Hostern darf man aus dem Root-Verzeichnis nicht raus.
Zudem gefällt mir bei dem Vorschlag das Mischen des Layouts mit dem Inhalt nicht
anstat
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content
layout
html
css
würde ich folgendes vorschlagen
content
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pdf
layout
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js
Das hat den Vorteil, dass beim Tauschen des Layouts prinzipiell nur ein ordner ersetzt werden muss und man nicht in mehreren Ordnern herumsuchen muss ob man ggf. noch Reste/Altlasten vergessen hat, die man entfernen muss.