Schreiben und lesen von Dateien mit Unicode Zeichen auf Windows

[Beat]

sub read_file {

...

my %parameter = @_;

...

  	while (<$rfh>) {  
  		push @lines, decode( $encoding, $\_ );  
  	  }  

Da ist ein Problem mit deiner Routine.
Du hast Sie so verfasst, als ob sie auf jedes Encoding anwendbar sein sollte, also auch auf Files, die eine BOM beinhalten.
Aus diesem Grund solltest du hier Files im Slurpmode einlesen
     { local $/=undef;
       my $file = decode($encoding, <$rfh>);
     }

Verbesserungsvorschläge sind willkommen!

Wüsste nicht wirklich viel zu sagen...

mfg Beat