Hallo MusikFan,
ich hatte bereits ähnliche Probleme wie du. Dabei habe ich mehrere Player gefunden, die man für solche Zwecke verwenden kann.
Einmal ist da der Niftyplayer, mit dem ich schon Erfahrungen gemacht habe und der auch relativ passabel funktioniert. Durch width="0" und height="0" im <Object> Tag oder durch CSS (display:none) solltest du das vorgegebene Interface verstecken und den Player dann über JavaScript steuern können.
Dann ist da noch ein anderer MP3-Player mit JavaScript-Interface. Allerdings habe ich mit diesem eher schlechte Erfahrungen gemacht.
Irgendwann hatte ich auch mal einen viel versprechenden Soundmanager gefunden, der nur für den Betrieb mit JavaScript ausgelegt war, allerdings konnte ich die Seite leider nicht mehr finden.
In die Schnittstellen musst du dich natürlich einlesen, aber ich fand, dass die alle recht gut beschrieben sind. Ich würde einfach mal etwas herumprobieren.
Hoffentlich konnte ich dir soweit helfen.
Schöne Grüße
Rachus