[...] Insofern würde ich an Deiner Stelle tatsächlich dazu neigen mit mod_rewrite nur bestimmte css-Dateien gegen eine php-Datei zu mappen. Hinzu tritt: diese Vorgehensweise behebt Dein Problem.
Das ist organisatorisch nicht ohne weiteres möglich da ich Großteils weder die Namen noch den Inhalt der CSS-Dateien kenne bzw. sich diese (Pfade) ändern können. Dazu müsste ich auf das Script umschreiben, das Script muss dann den Pfad zerlegen, das betreffende CSS lesen, sein Ding durchziehen und dann ausliefern.
Ist eine Möglichkeit, darüber muss ich nachdenken und das entsprechend Testen - scheint mir aber augenscheinlich aufwändiger zu sein.
Eine möglichgleich bietet sich aber mit "auto_prepend_file" - ich könnte jeder PHP-Datei einen Codeschnipsel voranstellen indem $_SERVER['SCRIPT_NAME']
betrachtet wird - wenn hinten .css steht, wird gibts eine entsprechende header()-Funktion. Muss ich ebenfalls testen.