Eigentlich meckert Eclipse nur, wenn die Datei verändert wurde, nicht wenn sie nur gelesen wurde.
Ich kenn WS_FTP nicht, würde aber vermuten, dass es die Datei verändert. Vielleicht irgendein Datum oder, wann sie das letzte Mal hochgeladen wurde!? Keine Ahnung.
Damit die Fehlermeldung nicht mehr erscheint und der Cursor nicht springt, kannst Du aber vorher F5 drücken. Ist zwar auch nervig, aber ich denke nicht ganz so schlimm wie vorher.
Gruß, Dennis