Encoder: Frage zu Tabellenlayout

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Was mir noch Kopfzerbrechen macht, ist die Frage, wie ich die Zeiten selber speichern will. Nehme ich einen Anfangs- und Endpunkt. Oder lieber einen Anfangspunkt und eine Zeitdauer? Oder lieber gleich für jeden Tag einen eigenen Eintrag, also für 7 Tage Urlaub eben 7 Einträge?

Kommt drauf an was du später damit machen willst. Geht es hauptsächlich um den Urlaub an sich, also wann hat eine bestimmte Person? Dann würde ich von-bis speichern.
Falls es ein Spezialfall ist, zum Beispiel wenn du eher die Anzahl der Tage brauchst und anhand eines bestimmten Tags rausfinden willst ob jemand da Urlaub hat, könnte es vielleicht sinnvoller sein wenn du einzelne Tage speicherst.

... in der ich die Einträge als DIV oder Zelle per Drag+Drop manipulieren kann.

Inwiefern manipulieren? Das wären gerade die Gründe dir für oben genannten Überlegung sprechen.

Aber ich denke du kannst mit den Datumsfunktionen jede deiner Varianten machen und dabei diverse Abfragen realisieren.