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Meine Güte, du machst dir das Leben vielleicht unnötig schwer. Produzierst du falsch kodierte Mails? Vermutlich ja. (Zeige mal den Rückgabewert von $email->as_string vor dem Versand. Schade, dass es keinen automatischen Validator für Nachrichten/MIME analog zu HTML und CSS gibt.) Dann musst auch in Kauf nehmen, dass jeder Mailclient den Datenmüll auf eigene Art handhabt. Da bist du nur am Verlieren. Es hilft auch kein anderes Encoding als UTF-8.
Die Lösung ist, es einfach richtig zu machen, statt an sekundären Problemen herumzupfriemeln. An deiner Stelle hätte ich schon längst die Libraries modernisiert. Wenn du Dateien hochladen/mit Perl ausführen kannst, kannst du auch immer Module installieren.
Struppi