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Diese Frage beantwortet sich damit von allein: Wenn Javascript (und damit JQuery) anfängt, ist das PHP-Script schon längst beendet, die while-Schleife tiefste Vergangenheit.
Nicht unbedingt. Wenn durch JavaScript ein iframe erzeugt wird in dem das PHP-Script mit der while-Schleife aufgerufen wird und in jedem Schleifendurchlauf eine Zeile JavaScript ausspuckt, die den Fortschrittsbalken manipuliert, ist die Sache kein großes Problem.
Der Martin