suit: Problem mit Layertechnik...

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Aus bestimmten Gründen (wegen CMS) kann ich das "Logo"DIV aber nicht im "Banner"DIV verschachteln.

Entweder du nutzt ein schlechtes CMS oder du benutzt es falsch - ggf. kann man dein Problem unter bekanntgabe des CMS lösen, ohne einen unsinnigen Workaround machen zu müssen.

Könnt Ihr mir da bitte helfen? Wieso unterscheiden sich die beiden Varianten überhaupt in der Ausgabe?

Weil sie offensichtlich anders sind?