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Jetzt habe ich deine Antwort zu schnell gelesen...
Es geht um ein Labelsystem, da sollen für jede Datei in einem Ordner mehrere Label speichern. Das macht wenig Sinn das im Internet zu speichern.
Schau dir mal das hier an: http://db.apache.org/derby/
Damit kannst du relativ simpel eine SQL Datenbank lokal speichern und mit Java verwalten.
MfG Niko