Server-Config beeinflusst Hash von Dateiinhalten?

[Beat]

Liegt es also an den Newlines?

offensichtlich

Warum nicht in allen (Text-)Dateien?

Weil einige Textdateien auf deinem lokalen System bereits die für UNIX konforme newlines enthalten.

Warum nicht auf beiden Servern?

Deine Frage hat nicht genügend Daten, um darauf einzugehen.

Gibt es eine Einstellung von PHP/Apache die die Behandlung von Newlines beeinflusst?

Deine Textfiles geraten über mehrere Wege auf die fernen Server.
Bei FTP werden bei Textmodus Übertragung Newlines nach network konvertiert.
Dort ist eine Newline als "\015\012" definiert.

Files, die du auf den Servern selbst erstellst sind davon nicht betroffen.

Warum spielt das überhaupt eine Rolle wenn md5_file() doch binary safe ist?

Und was heisst binarysafe? Textfiles sind offensichtlich keine binaries.
Wenn du Textfiles absolut identisch auf den Servern haben willst, musst du sie auch als binary übertragen, also die Standardübetragungseinstellungen der FTP-Programme anpassen.

Ich habe es auch nochmal manuell mit fread() und md5($filecontent) geprüft - es macht keinen Unterschied.

Weil PHP Fakten behandelt, die bereits geschaffen sind.

mfg Beat