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Ok nochmal ganz strukturiert:
Ich habe ein php Script in /var/www/html/
Ich möchte auf ein Programm (hier ein perl-Script) zugreifen, das in /opt/extProg/ liegt
Wenn ich per ssh auf den server zugreife funktioniert alles, weil das Verzeichnis in der Environment Variable PATH eingebunden ist.
Da der apache, als der das php-Script ausgeführt wird, nicht über die Shell ausführt, "kennt" er das Verzeichnis nicht. Also muss ich es ihm irgendwie beibringen.
Ein einfaches chdir bringt auch nichts, weil das perl-Script das ausgeführt wird auf weitere Scripte zugreifen muss, die es dann aus mir nicht erfindlichen Gründen nicht findet. Weiss der Geier warum.