Hallo,
naja, wenn das alles relativ positioniert ist, ist es doch kein Wunder, wenn das tiefer ist als vorher, wenn Du am Layout (=Tabellen?) was geändert hast?
http://www.tutorials.de/css/282143-lightbox-fenster-startposition-veraendern.html bzw. in diese Richtung würde ich schauen.
Gruß
jobo