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ob ich [...] Daten [...] in eine XML-Datei speichern sollte [...]
Die Frage ist nicht: XML oder RDBMS?
Die Frage ist: Datei oder Datenbank?
Wenn du da mal googlest findest du sicherlich die einzelnen Vorteile von Datenbanken und in welchen Situationen was warum besser ist - ich denke für dich sind allein schon aus Performancegründen Datenbanksysteme besser geeignet.
Erste Überlegungen waren, 2 XML-Dateien [...]
Allerdings: DBMS != MySQL && DBMS != MSSQL
Es gibt auch nicht-relationale bzw. Nicht-SQL-Datenbanken (Stichwort: NoSQL). Fast für jeden Bereich gibt es "maßgeschneiderte" DBMSs. Das heißt du kannst auch XML-Knotenbäume in speziellen DBMSs (abgesehen von der Möglichkeit Knotenbäume in RDBMSs abzulegen *nichtnähereingeh*) speichern - nicht nur in Dateien (wäre ja auch langweilig).
[...] was haltet Ihr von [...] XML-Speicherung [...]
Auch wenn du XMLDBMSs anstatt von XML-Dateien verwendest: XML ist meiner Meinung nach nicht das Format deiner Wahl - es ist hauptsächlich für semistrukturierte Daten wie XHTML sinnvoll. Für strukturierte Daten ist RDF oder ähnliche logische Verfahren besser.
Informiere dich doch vielleicht einmal über NoSQL, Speicherung von RDF in DBMS und über OODBMS.
lg. hummerlabber