Wenn die Kodierung des Dokuments falsch angegeben ist und sich darin ein Methodenaufruf mit einem JavaScript-String befindet, hast du in deinem JavaScript keine Möglichkeit, sie zu fixen. Das passiert alles weit vorher bzw. auf einer Ebene darunter.
Das Beste, was du in dem Fall machen kannst, ist dem Benutzer eine Warnmeldung geben, dass er doch bitte die Kodierung korrekt angeben kann, damit dein Script vernünftig arbeiten kann. Feststellen, dass er einen Fehler gemacht hat, kannst du ja anhand der Replacement Characters.
Mathias