Welche Unterschiede vermutest Du, wenn ein Quelltext einmal über file und einmal über http aufgerufen wird? Versteh ich jetzt nicht - es ist doch DERSELBE Quelltext. Nicht verschiedene Dateien oder sowas.
Z.B. sind Dateipfade evtl. andere als Ordner über den Webbrowser. Ich hab keinen IE daher kann ichs nicht testen.
Alles pure Spekulation, was dir vermutlich nicht weiterhilft.