Hallo,
das kommt auch ein bisschen auf das verwendete Datenbanksystem an, ich benutze für MS SQL Server 2000 - 2011 ein Tool von RedGate: SQL Compare. Für MySQL oder Oracle ist das hingegen nicht geeignet.
Aber eine kurze Suche bei Guggel liefert doch einige Ergebnisse für mysql.
Gruss, Fränk