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Du kannst in der PHP-Datei selber keinen Shell-Code direkt ausführen, aber Du kannst Dein Shell-Skript in einer eigenen ausführbaren Datei ablegen und im PHP-Skript per exec oder system aufrufen (der Umgang mit den Rückgabewerten ist unterschiedlich). Achte darauf, dass die Dateirechte korrekt gesetzt sind.
Gruß
Stefanie