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leider gibts es ja nicht die möglichkeit
der funktion $$() das zu verwendende document
zu übergeben, daher frage ich mich wie das funktioniert?
$$ ist eine Funktion beim globalen window-Objekt (angenommen, in dem anderen Frame ist auch Prototype eingebunden, was du ja sagst). Du brauchst also nur auf das window-Objekt des Frames zugreifen, darüber kannst du dann $$ ansprechen.
Wenn du bspw. ein Frameset mit zwei Frames hast a und b, dann kannst du aus dem Dokument in Frame a über parent.b auf das window-Objekt des anderen Frames zugreifen. Also parent.b.$$.
Sämtliche Zugriffsarten sind hier erklärt:
http://de.selfhtml.org/javascript/objekte/frames.htm
http://aktuell.de.selfhtml.org/artikel/javascript/fensterzugriff/
Mathias