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Ich sehe da grad nichts, was nicht mit einer Schleife durch die Import-Daten und einem Funktionsaufruf zu erledigen wäre. Wo siehst du den entscheidenden Mehraufwand gegenüber dem Eltern-Kind-Modell?
Beim Import von großen Datenmengen in flache Strukturen und umgekehrt - und das kommt nicht so selten vor, eben weil auch die Sekretärin vom Arzt die Eltern-Kind-Beziehung versteht, Nested Sets aber nicht.
Auch solche Dinge sollten dann in die Designentscheidung mit einfließen.